ニューヨーク発東京行きの旅客機が突然、墜落した。第一報を受けたCTU（テロ対策ユニット）第1支部A班の班長・獅堂現馬（唐沢寿明）は、日本初の女性総理候補・朝倉麗（仲間由紀恵）の暗殺計画に関係した“事件”だと直感。CTUの暗号解析係長・南条巧（池内博之）に搭乗者全員の経歴をすぐ調べるよう命じるが、現馬に不信感を抱く南条は素直に命令に従おうとしない。
その頃、旅客機を爆破してパラシュートで脱出した謎の女・氷川七々美（片瀬那奈）は、地上で何者かと合流。墜落した飛行機の乗客のひとりで、数時間後には麗を取材する予定だったカメラマン・皆川恒彦（前川泰之）から奪ったIDカードの話になるが…!?
一方、CTU東京本部長・郷中兵輔（村上弘明）は、極秘調査を担当するCTU第3支部捜査員・三上徹（石垣佑磨）と落ち合い、所有者ナンバーが消去されたCTUのカードキーを受け取る。なんと、そこには正体不明の内通者によって、麗に関する膨大なデータが記録されていたというのだ！しかも、カードキーの受け渡し直後、何者かが郷中と三上を銃撃…！ 郷中から連絡を受けた現馬はすぐさま救助に向かうが、その行く手には文字通り“絶体絶命の事態”が待ち受けていた！ さらに同じ頃、麗が滞在先のホテルから姿を消してしまい…!?
娘・獅堂美有（桜田ひより）の行方も依然としてつかめず、公私ともに得体の知れない事件に翻弄されていく現馬。そんな彼にやがて、追い打ちをかけるかのような“耳を疑う新情報”がもたらされる――。
裏社会で生きる正体不明の男。日本初の女性総理誕生が期待される総選挙当日も、何やら良からぬ動きを見せる。
