日本初の女性総理候補・朝倉麗（仲間由紀恵）の暗殺計画に関わる内通者だということがバレてしまい、追い詰められたCTU（テロ対策ユニット）第1支部A班の暗号解析係・明智菫（朝倉あき）が自殺を図った！ 菫を訊問していたA班チーフ・水石伊月（栗山千明）と暗号解析係長・南条巧（池内博之）は動揺しながらも、菫が病院へ搬送されるのを見届け、それぞれの仕事へ戻る。
一方、麗を暗殺しようとした実行犯と間違われ、警察に追われる身となったA班の班長・獅堂現馬（唐沢寿明）は逃亡を続けるも、あちこちに張り巡らされた検問のせいで身動きが取れないでいた。その矢先、暗殺計画に関与する謎の男・神林民三（高橋和也）に誘拐された現馬の妻・六花（木村多江）が再び、監視の目をかいくぐり、伊月に電話をかけてくる。電話をつないでもらった現馬は六花、そして一緒に監禁されている娘・美有（桜田ひより）の居場所を突き止めて救出するため、伊月に逆探知を依頼。だが、通話経路は暗号化されており、逆探知は至難の業だ。悠長に待ってなどいられない現馬は、大まかなエリアが判明するや危険を顧みず、警察の包囲網を突破しようと試みるが…!?
まもなく菫のパソコンから、暗号化された1件のメールが見つかる。かろうじて判明した件名には、「テッド福井」という不審な名前が記されていた！ この人物は一体何者なのか…。南条から報告を受けた現馬は「テッド福井」と接触を図ろうと画策し、大胆な行動に出る。そんな中、CTU第1支部に、九死に一生を得た麗のもとに、さらには神林のもとにも――次々と“驚愕の知らせ”が舞い込む！
