日本初の女性総理候補・朝倉麗（仲間由紀恵）を暗殺しようとした実行犯だと疑われ、CTU（テロ対策ユニット）第1支部A班の班長を解任されてしまった獅堂現馬（唐沢寿明）。彼は警察の追手から逃れながら、あろうことか暗殺計画に関わっていると思われる投資会社の社長・テッド福井（飯田基祐）を拉致！ 暗殺計画に関与する謎の男・神林民三（高橋和也）に誘拐された現馬の妻・六花（木村多江）と娘・美有（桜田ひより）の居場所を聞き出そうとする。だが、テッドは知らぬ存ぜぬの一点張り。暗殺計画の関係者との接点についても、シラを切り通す。
一方、墜落した旅客機の搭乗者データを分析していたA班の暗号解析係長・南条巧（池内博之）は、暗殺未遂騒ぎのあった現場から逃亡したカメラマン・皆川恒彦（前川泰之）の名前がデータから消されていたことを発見する。そう、皆川は墜落事件の犠牲となり、暗殺未遂騒ぎの何時間も前に亡くなっていたのだ！ だとすれば、“逃亡した皆川”は一体誰なのか――。謎は深まるばかりで…。
やがて現馬は、テッドがある男からの急な要請で、落ち合う約束をしていたことを知る。A班のチーフ・水石伊月（栗山千明）にその男の素性を調査するよう依頼すると同時に、自らその正体不明の男に会おうとする現馬。ところがその矢先、テッドがナイフを手に現馬を襲撃し、「すべては自業自得。報いを受けろ！」と“不穏な言葉”を浴びせ…!?
同じ頃、六花と美有も命の危機にさらされていた。麗の暗殺計画を完遂するため“第2の作戦”に着手し始めた黒幕＝アンドレ・林（村上淳）がなんと神林に対し、2人を殺すよう命令したのだ――。
