党関係者との朝食会を目前に控えた日本初の女性総理候補・朝倉麗（仲間由紀恵）は、闇の情報屋・上州（でんでん）から衝撃的な事実を告げられる。かつて麗の息子・夕太（今井悠貴）が犯した殺人の証拠をもみ消したという。だが、それはほかならぬ夕太本人から頼まれたからだ、というのだ！ 自分の預かり知らぬところで行われた“隠蔽”にショックを受けた麗は、上州に絶縁を宣言。だがそんな彼女に向かって、上州は“不穏な言葉”を口にする。しかも、麗の夫・遥平（筒井道隆）が人知れず、“信じられない行動”に出て…！
一方、CTU（テロ対策ユニット）第1支部A班の班長・獅堂現馬（唐沢寿明）は、娘・美有（桜田ひより）の誘拐事件と麗の暗殺計画がつながっていることを確信。美有と一緒に誘拐された挙げ句、車にはねられ瀕死の状態で病院に運ばれた函崎寿々（柳美稀）の命も狙われていると察し、病院へ急行する。妻・六花（木村多江）には事情を打ち明け、「必ず美有を助け出す」と宣言する現馬。ところがそこへ、暗殺計画との関与が疑われる謎の男・神林民三（高橋和也）から、現馬に不意の電話がかかってくる！知らぬ男からの電話に緊迫した表情になる現馬。「娘に会いたかったら、俺の指示に従え」――愛する娘の命を平然と盾にする神林に、現馬は抗うことができず…!?
そんな中、神林が手下の陳元永福（渋谷謙人）に始末するよう命じた“身元不明の死体”を調べていたCTUは、ついにその正体を突き止める。そこから明るみに出る“耳を疑うような事実”――それは、現馬とその家族に今まさに迫りつつある“もうひとつの危機”を示唆していた！
